Si están utilizando un gestor FTP deben configurar lo siguiente en las opciones.
Tipo Extensión:
ASCII
*.log; *.dat; *.html; *.asp; *.pem, *.txt
BINARIO
*.cgi; *.exe
Si no lo haces los archivos se corrompen y no se ejecutan.
Si utilizas filezilla, los cambios anteriores los puedes hacer aquí.
Cambios realizados en Filezilla>edición>transferencias>tipos de archivos